स्पिरुलिना की हमारी रेंज समुद्र के पानी में प्रदूषकों के प्रति संवेदनशील है, इसे पानी के किसी दिए गए पिंड की विषाक्तता को मापने के लिए बायोसेंसर के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है। दुर्भाग्य से, इस संवेदनशीलता का अर्थ है कि भारी धातुओं से दूषित पानी में उगाया जाने वाला स्पिरुलिना इन विषाक्त पदार्थों को केंद्रित कर सकता है। पारा का स्तर विशेष चिंता का विषय है। संक्रामक जीव भी मौजूद हो सकते हैं और कटे हुए शैवाल को दूषित कर सकते हैं, इसलिए स्पिरुलिना के प्रतिष्ठित स्रोतों का उपयोग किया जाना चाहिए। फेनिलएलनिन की संभावित सामग्री के कारण फेनिलकेटोन्यूरिक्स को स्पिरुलिना से बचना चाहिए। नीले-हरे शैवाल की कई किस्में, जिनमें एफ़ैनिज़ोमेनन फ्लोस-क्वे और एनाबेना शामिल हैं, कभी-कभी विषाक्त पदार्थों का उत्पादन करती हैं जो तंत्रिका तंत्र या यकृत को प्रभावित कर सकते हैं। स्पिरुलिना के संभावित दुष्प्रभाव मुख्य रूप से जठरांत्र संबंधी होते हैं, और इसमें दस्त, मतली और उल्टी शामिल हैं। एलर्जी प्रतिक्रियाएं शायद ही कभी होती हैं, लेकिन अनिद्रा और चिंता का कारण बन सकती हैं।