साइक्लोफॉस्फेमाइड का उपयोग अकेले या अन्य दवाओं के संयोजन में हॉजकिन के लिंफोमा (हॉजकिन रोग) और गैर-हॉजकिन के लिंफोमा (कैंसर के प्रकार जो सामान्य रूप से संक्रमण से लड़ते हैं) के इलाज के लिए किया जाता है; त्वचीय टी-सेल लिम्फोमा फ़ोमा (CTCL, प्रतिरक्षा प्रणाली के कैंसर का एक समूह जो पहली बार त्वचा पर चकत्ते के रूप में दिखाई देता है); मल्टीपल मायलोमा (अस्थि मज्जा का एक प्रकार का कैंसर); और कुछ प्रकार के ल्यूकेमिया (श्वेत रक्त कोशिकाओं का कैंसर), जिसमें क्रोनिक भी शामिल है लिम्फोसाइटिक ल्यूकेमिया (CLL), क्रोनिक माइलोजेनस ल्यूकेमिया (CML), तीव्र माइलॉयड ल्यूकेमिया (AML, ANLL), और तीव्र लिम्फोब्लास्टिक ल्यूकेमिया (ALL)। इसका उपयोग रेटिनोब्लास्टोमा (आंख में कैंसर), न्यूरोब्लास्टोमा (एक कैंसर जो तंत्रिका कोशिकाओं में शुरू होता है और मुख्य रूप से बच्चों में होता है), डिम्बग्रंथि के कैंसर (महिला प्रजनन अंगों में शुरू होने वाला कैंसर जहां अंडे बनते हैं), और स्तन कैंसर के इलाज के लिए भी किया जाता है। साइक्लोफॉस्फेमाइड का उपयोग उन बच्चों में नेफ्रोटिक सिंड्रोम (एक बीमारी जो किडनी को नुकसान पहुंचाने के कारण होती है) के इलाज के लिए भी किया जाता है, जिनकी बीमारी में सुधार नहीं हुआ है, खराब हो गया है, या अन्य दवाएं लेने के बाद वापस आ गए हैं या उन बच्चों में जिन्हें अन्य दवाओं के साथ असहनीय दुष्प्रभाव का अनुभव हुआ है। साइक्लोफॉस्फेमाइड दवाओं के एक वर्ग में है जिसे अल्काइलेटिंग एजेंट कहा जाता है। जब साइक्लोफॉस्फेमाइड का उपयोग कैंसर के इलाज के लिए किया जाता है, तो यह आपके शरीर में कैंसर कोशिकाओं के विकास को धीमा या रोक कर काम करता है। जब साइक्लोफॉस्फेमाइड का उपयोग नेफ्रोटिक सिंड्रोम के इलाज के लिए किया जाता है, तो यह आपके शरीर की प्रतिरक्षा प्रणाली को दबाने का काम करता है.